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他のアプリケーションによって変更

1.ネットワーク設定は他のアプリケーションによって変更されました" というメッセージが表示される
MacOSX 10.4のアップデータのバグによって発生しているもののようです。繰り返しこのエラーが表示されてしまうようです。回避策としては、OSXのHDD内のライブラリフォルダから、/Preferences/SystemConfiguration/ とたどっていって、"preference.plist" というファイルがあるはずなのでこちらを削除して再起動し、再度ネットワークの設定を作り直せば改善されるようです。

このようにエラーに陥ってしまうのはあくまでも、OSX 10.4のユーザーのみ。

また一時的な回避策もあるようですが、ネットワーク環境の設定をきちんと作り直した方がいいと思います。
以下のリンク先にも一時的な回避策については紹介されていますので、ご興味のある方はご覧になってみてください。

2.これ、私のも同じ症状が出て困ってました。

で、皆さんのご意見を参考にして、
/Library/Preferences/SystemConfiguration/preferences.plist
を見つけ、これが変なのも分りました。

同じトラブルが出るのも、Macな人にとっては、直接プリファレンスファイルを書き換えるのも難しいのです。
クリックすると内容は確認できましたけれどね・・・。

そこで、何で変になったのか確認していったら、システム環境設定のネットワークの設定のうち、デフォルト以外にネットワーク環境の編集をしていたり、PCカードモデム携帯電話モデムを登録しているものに発生することも分りました。

ちょうどセキュリティーアップデートをした後に症状が出ているようですが、ネットワークの機能拡張をアップデートした後にプリファレンスを正しく書き換えていないために「他のアプリケーションによって変更されました。」とアラートが出るようですね。

タイミング的にLANなどでつながっている時にアップデートすると、隠れている外部モデムのパスワードなどの設定だけを残してプリファレンスが書き換えられ、更新されているようなので、もう一度、外部モデムや、登録してある他の無線LANサービスのWEPパスワードなども含めて再設定すると、プリファレンスファイルが更新されてアラートが出なくなりました。
#つながっているプリファレンスは、ちゃんと書き換えられていました。

ちなみに、アップルのサポートの云われていた、セキュリティの設定を変更しても、なにも変わらず同じアラートが出ていたので、やっぱり、頼りにならないアップルサポートです。