家康時代 慶長5年（1600）9月～慶長10年（1605）4月
| 西暦 | 年月日 | 氏名 | 領地 | 石高 | 摘要 | 理由 | 備考 | |h
| 1600 | 慶長5年9月以降 | 宇喜多秀家 | 備前岡山 | 574 | 0 | 除封 | 関ヶ原の敗戦 | |
| | | 青木一矩 | 越前北庄 | 200 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 小西行長 | 肥後宇土 | 200 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 増田長盛 | 大和郡山 | 200 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 石田三成 | 近江佐和山 | 194 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 織田秀信 | 美濃岐阜 | 133 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 丹羽長重 | 加賀小松 | 125 | 400 | 除封 | 〃 | 子孫は陸奥二本松藩主として存続。 |
| | | 小川祐忠 | 伊予国府 | 70 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 木下勝俊 | 若狭小浜 | 62 | 0 | 除封 | 〃 | 慶長13年（1608）、父の遺領備中足守25,000石を継承。 |
| | | 安国寺恵瓊 | 伊予国内 | 60 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 南条忠成 | 伯耆羽衣石 | 60 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 福原直高 | 豊後府内 | 60 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 毛利吉成 | 豊前小倉 | 60 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 大谷吉継 | 越前敦賀 | 50 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 織田秀雄 | 越前大野 | 50 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 長束正家 | 近江水口 | 50 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 丹羽長昌 | 越前東郷 | 50 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 山口正弘 | 加賀大聖寺 | 50 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 毛利吉政 | 豊前国内 | 48 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 青山宗勝 | 越前丸岡 | 46 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 田丸直昌 | 美濃岩村 | 45 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 伊藤盛正 | 美濃大垣 | 34 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 小野寺義道 | 出羽横手 | 31 | 600 | 除封 | 〃 | |
| | | 石田正継 | 近江国内 | 30 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 新庄直頼 | 摂津高槻 | 30 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は常陸麻生藩主として存続。 |
| | | 原勝胤 | 美濃太田山 | 30 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 島津豊久 | 日向佐土原 | 28 | 600 | 除封 | 〃 | 慶長8年（1603）、同族島津以久が遺領を継承。 |
| | | 堀内氏善 | 紀伊新宮 | 27 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 木下頼継 | 越前国内 | 25 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 氏家行広 | 伊勢桑名 | 22 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 岡本重政 | 伊勢亀山 | 22 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 赤座直保 | 越前今庄 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 荒木重堅 | 因幡若桜 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 生熊長勝 | 丹波国内 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 池田秀氏 | 伊予大洲 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 垣見一直 | 豊後富来 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 木下利久 | 領地不明 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 木下利房 | 若狭高浜 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は備中足守藩主として存続。 |
| | | 木下延重 | 播磨国内 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 佐藤方政 | 美濃上有知 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 多賀秀種 | 大和宇陀 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 戸田重政 | 越前安居 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 早川長政 | 豊後杵築 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 丸毛兼利 | 美濃福束 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 杉若氏宗 | 紀伊田辺 | 19 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 横浜茂勝 | 播磨国内 | 17 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 石田正澄 | 近江国内 | 15 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 氏家行継 | 近江国内 | 15 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 熊谷直盛 | 豊後安岐 | 15 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 寺田光吉 | 大和国内 | 15 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 新庄直忠 | 近江柏原 | 14 | 600 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 木村秀望 | 豊後国内 | 14 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 来島長親 | 伊予来島 | 14 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は豊後森藩主として存続。 |
| | | 宇多頼忠 | 大和国内 | 13 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 新庄直定 | 摂津国内 | 13 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は常陸麻生藩主として存続。 |
| | | 石川貞清 | 尾張犬山 | 12 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 石川貞通 | 丹波国内 | 12 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 石川頼明 | 播磨国内 | 12 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 糟屋武則 | 播磨加古川 | 12 | 0 | 除封 | 〃 | 慶長7年（1602）、幕臣となり、のち再び廃絶。 |
| | | 平塚為広 | 美濃垂井 | 12 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 松浦久信 | 伊勢井生 | 11 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 溝江長晴 | 越前金津 | 10 | 700 | 除封 | 〃 | |
| | | 赤松則英 | 阿波住吉 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 池田長政 | 領地不明 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 上田重安 | 越前国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 加賀井重望 | 美濃加賀井 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 垣屋恒総 | 因幡浦住 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 河尻直次 | 美濃苗木 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 岸田忠氏 | 大和岸田 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 木下俊定 | 丹波国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 木村由信 | 美濃北方 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 杉浦重勝 | 美濃竹ヶ鼻 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 高木盛兼 | 美濃高須 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 高田治忠 | 丹波上林 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 寺西是成 | 伊勢国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 寺西信乗 | 伊勢国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 中江直澄 | 領地不明 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 服部正栄 | 近江国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 蒔田広定 | 伊勢雲出 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は備中浅尾藩主として存続。 |
| | | 松浦宗清 | 伊勢国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 毛利秀秋 | 信濃国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 安見勝之 | 伊予麻布 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 矢部定政 | 領地不明 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 山口修弘 | 加賀国内 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 山崎定勝 | 伊勢竹原 | 10 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | 慶長5年10月 | 立花宗茂 | 筑後柳川 | 132 | 200 | 除封 | 〃 | 元和6年（1620）、旧領に復帰し子孫は柳川藩主として存続。 |
| | | 宮部長煕 | 因幡鳥取 | 131 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 太田宗隆 | 豊後臼杵 | 65 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 小野木公郷 | 丹波福知山 | 31 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 斎村政広 | 但馬竹田 | 22 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 滝川雄利 | 伊勢神戸 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 高橋直次 | 筑後内山 | 18 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は筑後三池藩主として存続。 |
| | | 筑紫広門 | 筑後山下 | 18 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は旗本として存続。 |
| | | 奥山正之 | 越前国内 | 11 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | 慶長5年10月10日 | 毛利輝元 | 安芸広島 | 1205 | 0 | 減封 | 〃 | 周防・長門369,400石に移封。 |
| | | 毛利秀元 | 周防山口 | 200 | 0 | 減封 | 〃 | 戦後、毛利宗家から長門長府36,000石を分封。 |
| | | 小早川秀包 | 筑後久留米 | 130 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | 慶長5年11月 | 長宗我部盛親 | 土佐浦戸 | 222 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | | 前田利政 | 能登七尾 | 215 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | 慶長5年12月 | 真田昌幸 | 信濃上田 | 38 | 0 | 除封 | 〃 | |
| 1601 | 慶長6年2月 | 多賀谷重経 | 常陸下妻 | 60 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | 慶長6年8月 | 山川朝信 | 下総山川 | 20 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | 慶長6年8月16日 | 上杉景勝 | 陸奥会津 | 1200 | 0 | 減封 | 〃 | 出羽米沢300,000石に移封。 |
| 1602 | 慶長7年5月8日 | 佐竹義宣 | 常陸水戸 | 545 | 800 | 減封 | 〃 | 出羽秋田205,800石に移封。 |
| | | 芦名義広 | 常陸江戸崎 | 45 | 0 | 除封 | 〃 | |
| | 慶長7年7月27日 | 秋田実季 | 出羽秋田 | 190 | 0 | 減封 | 〃 | 常陸宍戸50,000石に移封。 |
| | | 岩城貞隆 | 陸奥磐城平 | 120 | 0 | 除封 | 〃 | 子孫は出羽亀田藩主として存続。 |
| | 慶長7年10月18日 | 小早川秀秋 | 備前岡山 | 574 | 0 | 除封 | 無嗣廃絶 | |
| | 慶長7年12月28日 | 日根野吉明 | 信濃高島 | 28 | 0 | 減封 | 幼少 | 下野壬生10,900石に移封。 |
| 1603 | 慶長8年9月11日 | 武田信吉 | 常陸水戸 | 150 | 0 | 除封 | 無嗣廃絶 | |
| 1604 | 慶長9年8月23日 | 大島光義 | 美濃関 | 18 | 0 | 分封 | 万石未満 | 子孫は旗本として存続。 |
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